正直待ち疲れた・・・。
旧サーバ側でユーザーデータの圧縮に1時間、VPN経由でデータ落とすのに3時間、新サーバにアップロードするのに1時間半。
たったこれだけの作業で5時間以上も待ちぼうけ (´ー｀)y─┛~~・・・orz
メールデータの欠損も無くサーバ移行は完了したけど、サーバ上に残っていた既読メール（cur）がクライアントPC側で2重に受信してしまう結果になった。
多い人だと2000件程度、過去に受信したメールを再度受信する結果となってしまう。
まぁ、MTAが変わるのでしかたないと言えばそれまでだけど、事前にユーザーにクライアントPC側の設定変更の呼びかけをするべきだったな。